В последние годы это учреждение стало более тесно связываться с обеспечением прав гражданина и верховенства права. Омбудсмен всё чаще рассматривается как защитник основных прав физических лиц и граждан от произвола и злоупотребления полномочиями со стороны государственной власти и должностных лиц.
Омбудсмен получил статус Конституционного института в 2006 году благодаря Конституции НКР, принятой 10 декабря 2006 года.
30 мая 2007 года, благодаря законодательной поправке, механизм выборов Омбудсмена был усовершенствован. Он закрепил за Национальным собранием право выдвигать и избрать кандидуру Омбудсмена в НКР.
16 апреля 2008 года Национальное Собрание НКР избрало первого Омбудсмена – Юрия Айрапетяна, а в мае того же года был сформирован его аппарат.
Закон подтвердил, что Омбудсмен является почетным, независимым лицом, которое уполномочено Национальным Собранием защищать права граждан и осуществлять контроль над всеми государственными органами, включая органы местного самоуправления и их должностных лиц, в форме широкого надзора без права подвергать изменениям принятые ими решения.
В 2009 году Защитник по правам человека Республики Арцах стал членом Европейского института Омбудсменов.
20 февраля 2017 года на референдуме были приняты изменения в Конституции Республики Арцах, что поставило на качественно новый уровень политику, проводимую в сфере защиты прав человека. 21 декабря 2017 года был принят новый закон "о Защитнике прав человека", который предоставил учреждению качественно новые возможности, в частности:
1. Установлены все содержательные полномочия Защитника прав человека для предотвращения пыток, предусмотренные международными договорами и присущие национальному механизму;
2. Определен широкий правовой инструментарий содействия совершенствованию нормативных актов на этапе разработки, касающихся прав и свобод человека;
3. Закреплены дополнительные правовые инструменты для содействия гарантированию прав детей;
4. Включены вопросы сохранения прав и свобод человека организациями, действующими в сфере общественной службы, в круг вопросов, попадающих под юрисдикцию Защитника;
5. Расширены гарантии независимости института Защитника прав человека;
6. Закреплена эффективная структурная и функциональная модель аппарата защитника, а именно: отделение секретариата, осуществляющего содержательную функцию, от департамента и его соответствующих подразделений, осуществляющих техническую функцию, а также создание института советников на общественных началах.
Для деятельности Омбудсмена, обусловленной послевоенной ситуацией, помимо функций, вытекающих из конституционного мандата, в качестве приоритетов были выделены следующие направления: